日军早在侵占南京之前就开始对南京周边地区进行轰炸。 1937年11月，日本陆军航空本部通过了《航空部队使用法》，其中第103条规定：“实施战略攻击，涉及对关键领域的政治、经济、工业等关键机构的破坏，重要的是直接空袭对公民，造成公民极大的恐惧，挫伤他们的意志。”这是人类战争史上第一次明确规定，战争期间空袭可以直接针对平民和住宅街道，突破了战争道德的底线。

1937年9月19日，日本第三舰队司令长谷川清下令对南京等地实施“无差别级别”轰炸。一些历史学家认为，这是更广泛的南京大屠杀的开始日期。这一天，日本第三舰队司令长谷川清命令其第二联合航空队（1937年9月10日刚刚从大连调往新落成的上海公立大学机场）进行“不分青红皂白”的空袭。 “攻击南京市区。轰炸。

上午8点15分，警报声大作，江阴要塞瞭望塔报告：大批敌机从下游向江阴飞来！每艘海军舰艇的炮手都在各自的位置上。几分钟后，看到一支由33架敌机组成的庞大编队在3000米的高度上向西南方向飞行。

这一天就是著名的“9月19日空战”的日子。我空军第四大队击落敌机4架，受损1架。刘翠刚，后来的中国空军传奇人物，一战成名。 9点20分左右，警笛再次响起。海军看到一小时前西飞的敌机正在乱七八糟地返航。预计他们一定是被我空军打败了，于是用一排炮火“送走”。

敌机都惊呆了，没有了战斗的意思。他们没有开一枪，没有扔一颗炸弹，高速向东逃去。下午2时30分，又响起警报，看到敌机28架，在南京被中国空军击落。这一次，机群不敢沿江飞行，一边躲避中国高炮火力的有效射程，一边返航。

大规模屠杀

城内约有五万军队，但执行军纪的宪兵只有十七人。日军除了随时随地对南京居民进行单独或小规模屠杀外，还袭击中国人民，特别是解除武装的军警人员。进行了多次大规模的“屠杀”。集体屠杀的手段有机枪扫射、活埋等，手段极其残忍。

12月15日（日军占领第三天）：3000余名放下武器的中国军警人员行进汉中门，用机枪密集扫射。许多人当场被杀。受伤者和幸存的尸体也以与死者尸体相同的方式被焚烧。当晚，9000多名被转移到鱼雷营的中国平民和解除武装的中国士兵惨遭日军屠杀。他们还在塔桥地区屠杀了三万多人。中山北路防空壕附近有200人被枪杀。

12月16日（日据第四天）：躲藏在南京安全区华侨招待所的5000多名中国男女难民，被日军集体护送至中山码头。他们的双手被反绑在背后，排成一排。日军用机枪扫射他后，他将尸体遗弃在长江中，销毁尸体痕迹。 5000多人中，只有白增荣和梁廷芳中弹受伤后游到对岸才逃过一劫。日军屠杀四条巷400余人，阴阳营100余人。

12月17日（日据第五天）：3000多名中国平民被日军带到煤港下游河边集体枪杀。 400多名在放圣寺和慈幼院避难的中国难民被集体枪杀。

12月18日晚（日据第六天），下关草鞋峡。日军将逃离南京城，并将57,418名中国难民，男女老少，囚禁在将军山。除了少数被饿死或被打死的，都会被用铅丝绑起来，赶到下关草鞋峡，用机枪密集扫射。并将那些躺在血泊中还在呻吟挣扎的人砍死。随后，所有尸体都被浇上煤油并焚烧，以销毁尸体的痕迹。在这场屠杀中，只有吴常德一人被活活烧死，得以逃脱。日军在大房乡难民区枪杀4000余人。

杀戮大赛

1937年12月13日，《东京日日新闻》（现《每日新闻》）报道了两名日本军官之间的“杀人较量”。在上级的鼓励下，日军第16师团中岛部队的两名少尉向井俊明和野田武志相约进行“杀人比赛”，约定谁先杀死100人，谁就获胜。占领南京时。他们从裕廊杀到唐山，向井俊明杀了89人，野田武杀了78人。由于两人都还不到100，所以“竞赛”仍在继续。 12月10日中午，两人在紫金山下相遇，对方的嘴已被刀划破。野田说他杀了105人，向井说他杀了106人。

由于不确定谁能先杀死100人，因此决定本次比赛不分出胜负，重新进行比赛，看谁能杀死150名中国人。这些暴行被图文连载在报纸上，被称为“帝国军队的英雄”。日本投降后，这两名战犯最终在南京被处决，罪名是他们在战争期间联合、持续屠杀战俘和非战斗人员，“实际上是人类的窃贼和文明的敌人”。

据我国南京军事法院1946年2月查证：日军集体屠杀28起19万人，分散屠杀858起15万人。日军对南京进行了长达六个星期的屠杀。超过30万中国军民被枪杀和活埋。

强奸

日军占领南京期间，数以千计的妇女日夜在家人面前被强奸。有的妇女多次被日本兵强奸，常常有的妇女不堪忍受酷刑而死。除此之外，日军还强迫乱伦行为。据估计，当时可能发生了2万多起强奸案。

抢劫、纵火

抢劫和纵火造成严重的财产损失。南京国际救援委员会的报告称：“南京31%的建筑物被烧毁；更高比例的商店被毁；日军的破坏和抢劫造成直接损失高达1亿法国币；农村地区南京周边道路沿线被洗劫一空，缺乏种子、牲畜、劳动力和工具，粮食作物只种植了正常年份的10%。

对于日军在该市纵火造成的严重后果，据国际委员会委员斯迈思的调查统计：该市24%的房屋被纵火烧毁；城外62%的房屋被烧毁，同济门外的房屋也被烧毁。高达78%；江宁、句容、丽水、江浦、六合四个半县（半县）共有房屋被毁30.08万间，占这些地区房屋总数的40%，其中大部分被烧毁。

1946年2月，南京敌罪调查委员会共获得500多条情报，其中涉及日军在南京的屠杀、伤害、强奸、抢劫、破坏、强迫服役等行为，以及中岛、长谷川等29名日军的犯罪总数。有295,882种。

南京大屠杀敌罪调查委员会自1946年6月至9月底完成，已确认证人案件2784件。根据调查结果，编制了受害人伤亡统计表、日寇犯下的各种罪行统计表，并出庭作证并写下了受害人的地址和姓名清单，写下了这场悲剧的概要。南京大屠杀，被提供给远东法庭和南京国防部军事法庭作为审判日本战犯的证据。

从查处的犯罪类型看，被枪杀1159人，被刺刀刺死667人，被屠杀315人，被强奸285人，被烧死136人，被殴打致死69人，被杀前受酷刑33人，被杀前被强奸19人。 。死亡19起，被强奸16起等。从受害人性别看，男性伤亡、受伤及生死不明案件2292起，女性伤亡及不明人员478起，死亡14起。性别未知。

在案件调查方面，委员会提供了一个比较典型的案例，共10名受害人。除庄绍德案与南京大屠杀无关外，薄洪恩、李秀英、尹有玉等9人均是南京大屠杀的受害者。