女主角杜丽娘天生丽质，多愁善感。正值爱情初开之春的她，却被家里的封建礼教禁锢，无法获得自由和爱情。有一天，杜丽娘的父亲杜宝担任太守，聘请了一位老学者陈最良来教导她。这个迂腐的老人第一次讲解《关关巨酒》，触动了杜丽娘的心。喜欢丝绸。

几天后，杜丽娘从后花园踏青归来。她因困倦而倒在床上睡着了。不久，她遇到了一位学者，他拿着一根柳枝来找她，请她写一首诗。然后他带她去牡丹亭逗她开心。当她醒来时，发现那人是南柯亦梦。她去牡丹亭寻找自己的梦想，却没有看到书生，心里很郁闷。渐渐地，这种对爱情的渴望变成了心脏问题，最后他就这样在没有得到任何治疗的情况下死去了。

杜丽娘的父亲此时升任淮阳节度使。临行前，他把女儿埋在后花园的梅树下，建了一座“梅花观”，并请了一位老道姑看守她。杜丽娘死后，她的游魂来到了阴间。法官问她死因，并在婚书上查到她与新科状元刘梦梅的婚姻关系后，放她重回人间。

这时，秀才刘梦梅进京赶考。途中，他受风感冒，生病，住在梅花庵。病愈后，他在庵中遇见了游鬼杜丽娘，两人一见钟情，过上了夫妻生活。不久，老道姑发现了此事，柳梦梅与她断绝了私事，并暗中与她商议让人挖了杜丽娘的坟墓。两人立刻成为真正的情侣，一起来到京都，柳梦梅在那里考进士。

考试结束后，柳梦梅来到了淮阳。当她找到杜府时，遭到杜总督的审问。柳梦梅自称是杜家女婿。杜总督大怒，认为儒生在说梦话，因为他的女儿三年前就死了。她现在怎么能这么做？他能够复活，又听说他的女儿杜丽娘的坟墓被这个儒生发现了，所以他被判处了死刑。

在审讯和严刑逼供过程中，朝廷派人陪同刘梦梅家属来到杜府，报告刘梦梅中了头奖，刘梦梅才得以逃脱。然而，杜总督仍然不相信自己的女儿会复活，并且怀疑第一状元也是妖精，于是他写了一份奏折，请皇帝判决。皇帝让杜丽娘来朝廷，在“照妖镜”前验证她确实是真人，于是下令父子夫妻相认成亲。一段婚姻从生死中起死回生，重获新生的故事，以幸福的结局告终。