清朝君主集权强化的措施是设立军机处，直接听命于皇帝，负责处理军国大事，严厉压制反清思想，严密控制知识分子，大兴文字狱，推行文化专制主义统治。

军机处的设置，标志着我国封建君主专制主义中央集权制度发展到巅峰。